Филогенетическое разнообразие бактерий в каменной соли Верхнекамского месторождения (Пермский край)

Авторы

  • Анна Александровна Пьянкова Институт экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН – филиал ПФИЦ УрО РАН https://orcid.org/0000-0003-2210-783X
  • Юлия Александровна Белоглазова Институт технической химии УрО РАН – филиал ПФИЦ УрО РАН https://orcid.org/0000-0003-1141-6266
  • Екатерина Сергеевна Корсакова Институт экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН – филиал ПФИЦ УрО РАН https://orcid.org/0000-0002-6907-7562
  • Борис Александрович Бачурин Горный институт УрО РАН – филиал ПФИЦ УрО РАН https://orcid.org/0000-0001-7200-2986
  • Елена Генриховна Плотникова Институт экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН – филиал ПФИЦ УрО РАН https://orcid.org/0000-0002-0107-0719

DOI:

https://doi.org/10.17072/1994-9952-2021-4-256-262

Ключевые слова:

Верхнекамское месторождение солей, некультивируемые бактерии, клонирование, секвенирование, ген 16S рРНК

Аннотация

С использованием молекулярно-генетических методов получены новые данные о филогенетическом разнообразии бактерий в галогенных отложениях Верхнекамского месторождения солей (Пермский край). Анализ генов 16S рРНК, обнаруженных в тотальной ДНК образца каменной соли (глубина отбора 239.7–239.8 м), позволил установить присутствие бактерий, принадлежащих классам Actinobacteria (близкородственных родам Rhodococcus, Demequina), Gammaproteobacteria (родам Pseudomonas, Serratia, Shigella), Betaproteobacteria (роду Ralstonia) и Alphaproteobacteria (роду Phyllobacterium). Кроме того, выявлены два филотипа класса Alphaproteobacteria (клон 66ВА (GenBank MH410136) и клон 12ВА (GenBank MH410128), проявляющие низкий уровень сходства по генам 16S рРНК (98.46%) с ближайшими типовыми штаммами рода Mesorhizobium (M. alhagi CCNWXJ12-2T) и рода Chelativorans (C. multitrophicus DSM9103T), которые могут представлять новые таксономические единицы.

Биографии авторов

Анна Александровна Пьянкова, Институт экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН – филиал ПФИЦ УрО РАН

Мл. науч. сотр.

Юлия Александровна Белоглазова, Институт технической химии УрО РАН – филиал ПФИЦ УрО РАН

Мл. науч. сотр.

Екатерина Сергеевна Корсакова, Институт экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН – филиал ПФИЦ УрО РАН

Канд. биол. наук

Борис Александрович Бачурин, Горный институт УрО РАН – филиал ПФИЦ УрО РАН

Канд. геол.-мин. наук

Елена Генриховна Плотникова, Институт экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН – филиал ПФИЦ УрО РАН

Д-р биол. наук, профессор

Библиографические ссылки

Барях А.А., Асанов В.А., Паньков И.Л. Физико-механические свойства соляных пород Верхнекамского калийного месторождения: учеб. пособие. Пермь, 2008. 199 с.

Бачурин Б.А., Одинцова Т.А., Хохрякова Е.С. Углеводородные маркеры органического вещества солей Верхнекамского месторождения // Проблемы минералогии, петрографии и металлогении. Научные чтения памяти П.Н. Чирвинского. 2016. № 19. С. 315–323.

Корсакова Е.С. и др. Разнообразие бактерий семейства Halomonadaceae района разработок Верхнекамского месторождения солей // Микробиология. 2013. Т. 82, № 2. С. 247–250.

Кудряшов А.И. Верхнекамское месторождение солей. Пермь, 2001. 429 с.

Практикум по агрохимии: учеб. пособие / под ред. В.Г. Минеева и др. М.: Изд-во МГУ, 2001. 689 с.

Равин Н.В. и др. Метагеномика как инструмент изучения «некультивируемых» микроорганизмов // Генетика. 2015. Т. 51, № 5. С. 519–528.

Alain K., Querellou J. Cultivating the uncultured: limits, advances and future challenges // Extremophiles: Life Under Extreme Conditions. 2009. Vol. 13, № 4. P. 583–594.

Ausbel F.M. et al. Short protocols in molecular biology. Third edition. N.Y.: John Wiley and Sons, 1995. 450 p.

Doronina N.V. et al. Chelativorans multitrophicus gen. nov., sp. nov. and Chelativorans oligotrophicus sp. nov., aerobic EDTA-degrading bacteria // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2010. Vol. 60 (Pt 5). P. 1044–1051.

Fierer N. et al. Assessment of soil microbial community structure by use of taxon-specific quantitative PCR assays // Applied and Environmental Microbiology. 2005. Vol. 71, № 7. P. 4117–4120.

Hamada M. et al. Draft genome sequences of eight type strains of the genus Demequina // Genome Announc. 2015. Vol. 3, № 2. P. e00281-15.

Jaakkola S.T. et al. Buried alive: microbes from ancient halite // Trends Microbiol. 2016. Vol. 24, № 2. P. 148–160.

Lane D.J. 16S/23S rRNA sequencing. In: Nucleic acid techniques in bacterial systematics / Eds. E. Stackebrandt, M. Goodfellow. N.Y.: John Wiley and Sons, 1991. P. 115−175.

Larouche J.R. et al. Microbial biogeography of arctic streams: exploring influences of lithology and habitat // Front Microbiol. 2012. Vol. 3. P. 309.

Margesin R., Schinner F. Potential of halotolerant and halophilic microorganisms for biotechnology // Extremophiles. 2001. Vol. 5, № 2. P. 73−83.

Ramirez-Bahena M.H. et al. Pseudomonas edaphica sp. nov., isolated from rhizospheric soil of Cistus ladanifer L. in Spain // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2019. Vol. 69. P. 3141–3147.

Zhou M. et al. Draft genome sequence of Mesorhizobium alhagi CCNWXJ12-2T, a novel salt-resistant species isolated from the desert of northwestern China // J. Bacteriol. 2012. Vol. 194, № 5. P. 1261–1262.

Загрузки

Опубликован

2021-12-24

Как цитировать

Пьянкова, А. А., Белоглазова, Ю. А., Корсакова, Е. С., Бачурин, Б. А., & Плотникова, Е. Г. (2021). Филогенетическое разнообразие бактерий в каменной соли Верхнекамского месторождения (Пермский край). Вестник Пермского университета. Серия «Биология»=Bulletin of Perm University. Biology, (4), 256–262. https://doi.org/10.17072/1994-9952-2021-4-256-262

Наиболее читаемые статьи этого автора (авторов)