Гены и белки холодового шока у Vibrio cholerae различных серогрупп
DOI:
https://doi.org/10.17072/1994-9952-2023-2-166-171Ключевые слова:
секвенирование, ген холодового шока csh1, протеины Csh1, стресс, Vibrio choleraeАннотация
Исследовано 553 полногеномных сиквенса штаммов Vibrio cholerae O1, О139 и неО1/неО139 серогрупп на наличие генов холодового шока cspA, cspV и csh1. Гены cspA и cspV присутствовали практически у всех изученных штаммов. Ген csh1 присутствовал у 99 штаммов Vibrio cholerae серогруппы О1 из 449 изученных и у 21 штамма холерных вибрионов неО1/неО139 из 86, взятых в исследование. Обнаружено отсутствие гена csh1 у всех штаммов серогруппы O139 и штаммов О1 серогруппы с генами ctxAB и tcpA. На основании изучения нуклеотидного состава выявлено 13 различных вариантов гена csh1, обусловливающих структурные различия белка холодового шока Csh1. Два основных типа белка Csh1 были представлены референс-типом (68 геномов) и мажорным типом (35 геномов), 11 минорных вариантов включали единичные геномы. По данным базы данных NCBI за рубежом циркулируют преимущественно представители минорных типов белка Csh1. Референс тип Csh1 в основном выявляли у штаммов серогруппы О1, при этом если до 2000 г. идентифицировали 10 штаммов с протеином Csh1 референс-типа, то в период 2001–2022 гг. их число составило уже 55. Предполагается, что новый ген холодового шока csh1 дает вибрионам селективное преимущество путем обеспечения выживания при низких температурах водоемов.Библиографические ссылки
Бородина О.В. и др. Изучение встречаемости гена холодового шока csh1 у штаммов Vibrio cholerae, циркулирующих на территории Российской Федерации // Бактериология. 2021. Т. 6, № 3. С. 22–23.
Герасименко А.А., Водопьянов А.С., Писанов Р.В. Типирование штаммов SARS-COV-2 с помощью новой компьютерной программы «CovAnalyzer» // Российская наука в современном мире: сб. статей XXXVII междунар. науч.-практ. конф. М., 2021. С. 19–22.
Заднова С.П. и др. Сравнительная устойчивость типичных и генетически измененных штаммов Vibrio cholerae биовара El Tor к действию неблагоприятных факторов внешней среды // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2014. № 2. С. 11–17.
Монахова Е.В., Архангельская И.В. Холерные вибрионы неО1/неО139 серогрупп в этиологии острых кишечных инфекций: современная ситуация в России и в мире // Проблемы особо опасных инфекций. 2016. № 2. С. 14–23.
Москвитина Э.А. и др. Холера в начале XXI века. Прогноз на глобальном уровне // Проблемы особо опасных инфекций. 2012. № 1. С. 11–16.
Носков А.К. и др. Результаты мониторинга холеры на административных территориях России в период с 2013 по 2019 год // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2021. № 2. С. 163–175.
Титова С.В. и др. Анализ динамики выделения и биологических свойств штаммов V. cholerae О1 El Tor, изолированных из водных объектов на территории Ростовской области в 2003–2014 гг. // Здоровье населения и среда обитания. 2015. № 2. С. 39–41.
Bankevich A. et al. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing // Journal of computational biology. 2012. Vol. 19, № 5. P. 455–477.
Barria C., Malecki M., Arraiano C.M. Bacterial adaptation to cold // Microbiology. 2013. Vol. 159, № Pt_12. P. 2437–2443.
Cardoza E., Singh H.C Group-Mediated Antibiotic Stress Mimics the Cold Shock Response // Current Microbiology. 2021. Vol. 78, № 9. P. 3372–3380.
Carroll J.W. et al. Response and tolerance of toxigenic Vibrio cholerae O1 to cold temperatures // Antonie Van Leeuwenhoek. 2001. Vol. 79, № 3. P. 377–384.
Datta P.P., Bhadra R.K. Cold shock response and major cold shock proteins of Vibrio cholerae // Applied and Environmental Microbiology. 2003. Vol. 69, № 11. P. 6361–6369.
Didelot X., Parkhill J. A scalable analytical approach from bacterial genomes to epidemiology // Philo-sophical Transactions of the Royal Society B. 2022. Vol. 377, № 1861. P. 20210246.
Загрузки
Опубликован
Выпуск
Раздел
Лицензия
Лицензионный договор на право использования научного произведения в научных журналах, учредителем которых является Пермский государственный национальный исследовательский университет
Текст Договора размещен на сайте Пермского государственного национального исследовательского университета http://www.psu.ru/, а также его можно получить по электронной почте в «Отделе научных периодических и продолжающихся изданий ПГНИУ»: YakshnaN@psu.ru или в редакциях научных журналов ПГНИУ.
