Обзор методов генетической дифференциации штаммов возбудителя псевдотуберкулеза
##plugins.themes.bootstrap3.article.sidebar##
##plugins.themes.bootstrap3.article.main##
Аннотация
##plugins.themes.bootstrap3.article.details##
Лицензионный договор
на право использования научного произведения в научных журналах,
учредителем которых является Пермский государственный национальный исследовательский университет
г. Пермь " _____" _____________ 20____ г.
Федеральное государственное авономное образовательное учреждение высшего образования «Пермский государственный национальный исследовательский университет, именуемое в дальнейшем «Издатель» (Лицензиат), в лице проректора по научной работе и инновациям ПГНИУ Пьянкова Сергея Васильевича, действующего на основании доверенности от 11.05.2021 № 10-3/1585/2, с одной стороны, и
_____________________________________________________________________________________________ (ФИО полностью автора) _____________________________________________________________________________________________ (место работы автора)
E-mail: ___________________________SPIN-код (РИНЦ):_______________ AuthorID (РИНЦ):_______________ (автора)
ORCID: ______________________________________________________________________________________ (другие идентификаторы автора)
действующий(ие) от собственного имени, именуемый(е) в дальнейшем по отдельности или совместно «Автор» (Соавторы) (Лицензиар), заключили настоящий договор (далее «Договор») о публикации материалов в научных журналах Пермского государственного национального исследовательского университета на указанных ниже условиях.
- Автор с момента вступления настоящего Договора в силу предоставляет Издателю на безвозмездной основе исключительную лицензию на использование созданного Автором (Соавторами) научного произведения (далее «Статьи»), с названием: ______________________________________________________ ____________________________________________________________________________________________, одобренной и принятой к опубликованию Редколлегией научного журнала ПГНИУ в «Вестник Пермского университета. Серия Биология» в пределах, предусмотренных настоящим Договором, без сохранения за Автором (Соавторами) права выдачи аналогичных лицензий другим лицам.
В соответствии с п. 2 ст. 1270 ГК РФ и настоящим Договором под использованием Статьи понимается:
- воспроизведение Статьи или ее отдельной части в любой материальной форме, в том числе на бумажном и электронном носителе в журналах и/или базах данных Издателя и/или иных лиц, по усмотрению Издателя и/или Учредителя Журнала;
- распространение Статьи или ее отдельной части в составе Журнала и/или базах данных Издателя или иных лиц, по усмотрению Издателя и/или Учредителя Журнала, или в виде самостоятельного произведения по всему миру;
- доведение Статьи до всеобщего сведения таким образом, что любое лицо может получить доступ к Статье из любого места и в любое время по собственному выбору (доведение до всеобщего сведения, в т. ч. через Интернет);
- сублицензирование (выдача разрешения на использование Статьи и ее отдельных материалов) полученные по настоящему Договору права третьим лицам, с уведомлением Авторов об этом, путем размещения соответствующей информации на сайте Издателя;
- перевод с одного языка на другой или другая переработка произведения;
- иные права, прямо не переданные Издателю по настоящему Договору, включая патентные права на любые процессы, способы или методы и прочее, описанные Автором (Соавторами) в Статье, а также права на товарные знаки, сохраняются за Автором (Составителями), иными правообладателями.
Переводить Статью с языка оригинала на русский язык (в случае представления Автором статьи в журнал на иностранном языке) или с русского языка на английский, если редакция посчитает это целесообразным.
Предоставление прав по настоящему Договору включает право на обработку формы предоставления Статьи для ее использования во взаимодействии с компьютерными программами и системами (базами данных), публикации и распространения в машиночитаемом формате и внедрения в системы поиска (базы данных).
Публикация Статьи в Журнале осуществляется на условиях лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0).
- Автор (Соавторы) гарантирует, что:
2.1. Он(они) проинформировал(и) других Соавторов относительно условий этого Договора и получил(и) согласие всех Соавторов на заключение настоящего Договора на условиях, предусмотренных Договором.
2.2. Статья является оригинальным произведением, представленным на рассмотрение только этому Журналу, и что Автор (Соавторы) не публиковал(и) Статью ранее в объеме более 15% в других печатных и/или электронных изданиях, кроме публикации препринта (рукописи) Статьи.
2.3. Статья содержит все предусмотренные действующим законодательством об авторском праве ссылки на цитируемых авторов и/или издания (материалы), что Автором (Соавторами) получены все необходимые разрешения на используемые в Статье результаты, факты и иные заимствованные материалы, правообладателем которых Автор (Соавторы) не является(ются).
2.4. Статья не содержит материалы, не подлежащие опубликованию в открытой печати, в соответствии с действующими законодательными актами РФ и ее опубликование и распространение не приведет к разглашению секретной (конфиденциальной) информации (включая государственную тайну).
- Права и обязанности Автора (Соавторов)
3.1. Автор обязуется:
3.1.1. Соблюдать «Положение об этических стандартах редакционной политики Пермского государственного национального университета» и другие требования редакции журнала, опубликованные на сайте журнала.
3.1.2. Представить рукопись и метаданные Статьи в соответствии с Правилами для авторов, опубликованных на сайте Издателя или Журнала.
3.1.3. В процессе подготовки Статьи к опубликованию:
- вносить в текст и метаданные Статьи исправления, указанные рецензентами и принятые Редколлегией Журнала, и/или, при необходимости, по требованию Издателя доработать Статью;
- читать корректуру(ы) Статьи в сроки, предусмотренные графиком выхода Журнала;
- вносить в корректуру Статьи только тот минимум правки, который связан с необходимостью исправления допущенных в оригинале Статьи ошибок и/или внесения фактологических и конъюнктурных изменений.
3.1.4. Не публиковать Статью в объеме более 15% в других печатных и/или электронных изданиях на русском языке без согласия Издателя.
3.1.5. Не использовать в коммерческих целях и в других изданиях без согласия Издателя электронную копию Статьи, подготовленную Издателем, в случае его передачи Автору.
3.1.6. Получить (в дополнение к своей подписи) подпись Работодателя, если материалы Статьи были подготовлены в порядке выполнения служебного задания и являются собственностью Работодателя. Настоящим Договором Работодатель передает Издателю все права на использование Статьи на условиях, предусмотренных настоящим Договором.
3.1.7. В случае предъявления к Издателю требований, связанных с нарушением исключительных авторских и иных прав интеллектуальной собственности третьих лиц при создании Статьи, или в связи с заключением Автором (Соавторами) настоящего Договора, Автор обязуется:
- немедленно, после получения уведомления Издателя, принять меры к урегулированию споров с третьими лицами, при необходимости вступить в судебный процесс на стороне Издателя и предпринять все зависящие от него действия с целью исключения Издателя из числа ответчиков;
- возместить Издателю понесенные судебные расходы, расходы и убытки, вызванные применением мер обеспечения иска и исполнения судебного решения, и выплаченные третьему лицу суммы за нарушение исключительных авторских и иных прав интеллектуальной собственности, а также иные убытки, понесенные Издателем в связи с несоблюдением Автором (Соавторами) гарантий, предоставленных ими по настоящему Договору.
3.1.8. Отразить в личном профиле ORCID, указанном в настоящем договоре, факт публикации Статьи.
3.2. Автор (Соавторы) вправе:
3.2.1. Пользоваться печатными или электронным препринтом неизданной рукописи Статьи в форме и содержании, принятыми Издателем для публикации в Журнале. Такие препринты могут быть размещены в виде электронных файлов на веб-сайте Автора (Соавторов) или на защищенном внешнем веб-сайте работодателя Автора (Соавторов) Статьи, но не для коммерческих продаж или систематического внешнего распространения третьей стороной.
При этом Автор (Соавторы) должен(ы):
- включить в препринт следующее предупреждение: «Это препринт Статьи, принятой для публикации в (название Журнала, (©), авторское право (год). Владелец авторского права, указанный в Журнале)»;
- обеспечить электронную ссылку на сайт журнала или Издателя.
3.2.2. Право безвозмездно фотокопировать или передавать коллегам копию напечатанной Статьи целиком или частично для их личного или профессионального использования, для продвижения академических или научных исследований или для информационных целей работодателя.
3.2.3. Право использовать материалы из опубликованной Статьи в написанной Автором (Соавторами) книге.
3.2.4. Право использовать отдельные рисунки или таблицы и отрывки текста из Статьи в собственных целях обучения или для включения их в другую работу, или для представления в электронном формате во внутренней (защищенной) компьютерной сети или на внешнем веб-сайте Автора (Соавторов) или его работодателя.
3.2.5. Право включать материалы Статьи в учебные сборники для использования в аудитории, для безвозмездного распространения материалов лицам, обучающимся у Автора (Соавторов) или сохранять материалы в электронном формате на локальном сервере для доступа обучающимся как к части курса обучения, а также для внутренних обучающих программ в учреждении работодателя.
- Права и обязанности Издателя
Решение о принятии Статьи к опубликованию является исключительной прерогативой Лицензиата.
4.1. Издатель обязуется:
4.1.1. За свой счет обеспечить рецензирование Статьи, научное, литературное и художественно-техническое редактирование, изготовление и/или обработку иллюстративного материала, изготовление бумажного и электронного оригинал-макета. Воспроизведение в бумажной и электронной форме номера Журнала со статьей Автора и его распространение в соответствии с условиями настоящего Договора.
4.1.2.Довести результаты рецензирования до сведения Автора.
4.1.3. Согласовывать с Автором вносимую в Статью правку с учетом условий пп. 2. и 3.1 настоящего Договора.
4.1.4. Предоставить Автору после опубликования Статьи в Журнале электронный файл Статьи при условии предоставления Автором (Соавторами) электронных адресов.
- Издатель гарантирует:
- право на неприкосновенность Статьи и защиту от искажений, действующий стандарт полиграфических работ, защиту авторских прав от незаконного использования Статьи третьими лицами и соблюдение права авторства и права Автора (Соавторов) на имя.
- Издатель имеет право:
6.1. При любом последующем разрешенном использовании Автором (Соавторами) (и/или иными лицами) Журнала и/или Статьи (в том числе любой ее отдельной части, фрагмента), требовать от указанных лиц указания ссылки на Журнал, Издателя или иного правообладателя Журнала, Автора (Соавторов) или иных обладателей авторских прав, название Статьи, том, номер Журнала и год опубликования, указанных в(на) Журнале.
6.2. По своему усмотрению выплачивать по отдельным статьям, подготовленным по заказу Издателя (Редколлегии Журнала), но не являющимися итогом выполнения служебных обязанностей или служебного задания работодателя, авторский гонорар по расценкам, установленным Издателем.
6.3. Размещать в СМИ и других информационных источниках предварительную и/или рекламную информацию о предстоящей публикации Статьи.
6.4.Самостоятельно, без уведомления автора, снять статью с публикации или использовать иные способы отзыва (ретрагирования) статьи в случае обнаружения в части соблюдения этических норм при опубликовании статей.
6.5. Устанавливать правила (условия) приема и опубликования материалов Журнала. Редколлегии Журнала принадлежит исключительное право отбора и/или отклонения материалов, направляемых в редакцию Журнала с целью их опубликования. Рукопись (материальный носитель), направляемая Автором (Соавторами) в редакцию Журнала, возврату не подлежит. Редакция Журнала в переписку по вопросам отклонения Статьи Редколлегией Журнала не вступает.
- Другие условия Договора
7.1. Настоящий Договор вступает в силу в случае и с момента вынесения Редколлегией Журнала решения о принятии Статьи к опубликованию. Если Статья не принимается к публикации или Автор (Соавторы) на стадии принятия решения Редколлегией отозвал рукопись, настоящий Договор не вступает (утрачивает) в силу. Если Статья не принята к публикации, Издатель извещает об этом Автора в течение 15 календарных дней, при условии предоставления Автором (Соавторами) Редакции контактных телефонов (адресов).
7.2. В соответствии со ст. 1269 ГК РФ Автор (Соавторы) имеет право отказаться от ранее принятого решения об обнародовании (воспроизведении) Статьи (право на отзыв) при условии возмещения Издателю причиненных таким решением убытков. Если Статья опубликована, Автор (Соавторы) также обязан публично оповестить о ее отзыве. При этом Автор (Соавторы) вправе изъять из обращения ранее выпущенные экземпляры Статьи, Журнала, возместив причиненные этим убытки.
7.3. В целях обеспечения размещения журнала и данных о журнале на электронных ресурсах (электронные библиотеки и базы данных), и дальнейшего использования этих ресурсов пользователями, автор согласен на публикацию своих личных данных (фамилию, имя, отчество, адрес, должность, сведения о месте работы, ученую степень, ученое звание, адрес электронной почты, контактный(е) телефон(ы), цифровые идентификаторы и иные необходимые сведения – на русском и английском языках) на сайте научного журнала, на сайтах организаций (Пермский государственный национальный исследовательский университет, Научная электронная библиотека (НЭБ), Высшая аттестационная комиссия (ВАК), ООО «Издательство Лань», EBSCO, ООО «Агентство «Книга-Сервис», ООО «Итеос», ЗАО «Консультант Плюс», ООО «НПО «Гарант-Сервис-Университет» и другие).
В соответствии с требованиями статьи 9 Федерального закона от 27.07.2006 № 152-ФЗ «О персональных данных», автор дает свое согласие Пермскому государственному национальному исследовательскому университету на автоматизированную, а также без использования средств автоматизации, обработку своих персональных данных, включающих фамилию, имя, отчество, адрес, должность, сведения о месте работы, ученую степень, ученое звание, адрес электронной почты, контактный(е) телефон(ы), цифровые идентификаторы и иные необходимые сведения – на русском и английском языках, передачу (распространение) сторонним организациям в рамках деятельности научного журнала. Автор предоставляет Пермскому государственному национальному исследовательскому университету право осуществлять все действия (операции) со своими персональными данными, включая сбор, систематизацию, накопление, хранение, уточнение, обновление, изменение, использование, уничтожение, обезличивание, блокирование и передачу (распространение) сторонним организациям (Научная электронная библиотека (НЭБ), Высшая аттестационная комиссия (ВАК) и другие).
7.4. Стороны договорились, что в соответствии со ст. 160 ГК РФ, допускают и признают
воспроизведение текста настоящего Договора и подписей Сторон на настоящем Договоре и иных документах, связанных с его заключением, с помощью использования средств механического, электронного или иного копирования собственноручной подписи и текста Договора, которые будут иметь такую же силу, как подлинная подпись Стороны или оригинальный документ. Факсимильные (электронные) копии документов действительны и имеют равную юридическую силу наряду с подлинными.
7.5. В соответствии со ст. 428 ГК РФ настоящий Договор является договором присоединения (офертой), условия которого определяются Издателем, и может быть подписан другой стороной не иначе как путем присоединения к настоящему Договору в целом. Направление Автором (Соавторами) рукописи Статьи для опубликования в Журнале, считается акцептом, т. е. согласием Авторов (Соавторов) на опубликование Статьи в соответствии с условиями настоящего Договора.
7.6. К условиям настоящего Договора и правоотношениям Сторон, не урегулированных Договором, подлежит применение законодательства Российской Федерации.
7.7. Споры и разногласия, возникающие в связи с настоящим Договором, стороны стараются урегулировать путем переговоров.
7.8. В случае невозможности урегулирования споров и разногласий путем переговоров, они передаются на рассмотрение в Арбитражный суд по месту нахождения Лицензиата.
7.9. На основании статей 433 и 438 ГК РФ настоящий договор считается заключенным после наступления следующих событий:
- Получение Лицензиатом Статьи, предоставленной Автором в соответствии с п. 3.1 настоящего Договора;
- Подписания настоящего Договора обеими сторонами.
- Реквизиты и подписи сторон
|
Автор (Соавторы): |
Издатель: |
|
Ф. И.О.
Паспортные данные: ____________________________ Адрес: ________________________________________ Телефон: ______________________________________
e-mail: __________________________________________
Подпись: ________________________________________
|
федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Пермский государственный национальный исследовательский университет»
Юридический адрес: 614068, г. Пермь, ул. Букирева, 15 Адрес для корреспонденции: 614068, г. Пермь, ул. Букирева, 15
ИНН 5903003330 ОКТМО 57701000, ОКАТО 57401365000, ОГРН 1025900762150, ОКПО 02069071
Тел.: 8(342)239-61-12 Факс: 8 (342) 237-16-11 E-mail: _________________________________
Сайт: http://www.psu.ru/
Проректор по научной работе и инновациям ПГНИУ
__________________/ _____С.В. Пьянков_____ (Подпись) (Расшифровка подписи)
Согласовано Главный редактор научного журнала _________________________________ ____________________________________
__________________/ ______________________ (Подпись) (Расшифровка подписи) |
|
Автор (Соавторы): |
|
|
Ф. И.О.
Паспортные данные: ____________________________ Адрес: ________________________________________ Телефон: ______________________________________
e-mail: __________________________________________
Подпись: ________________________________________
|
Текст Договора размещен на сайте Пермского государственного национального исследовательского университета http://www.psu.ru/, а также его можно получить по электронной почте в «Отделе научных периодических и продолжающихся изданий ПГНИУ»: YakshnaN@psu.ru или в редакциях научных журналов ПГНИУ.
Библиографические ссылки
Бургасова О.А. Клинико-патогенетические аспекты поражений суставов возбудителями бактериальной природы, совершенствование лабораторной диагностики, подходы к терапии: автореф. дис. … д-ра мед. наук. М., 2011. 41 с.
Бургасова О.А. и др. Влияние факторов патогенности Y. pseudotuberculosis на развитие поражений опорно-двигательного аппарата в виде реактивных артритов // Инфекционные болезни. 2009. Т. 7, № 4. С. 33‒36.
Водопьянов А.С. и др. Разработка метода дифференцировки Yersinia pestis и Yersinia pseudotuberculosis на основе INDEL-маркеров // Современные аспекты изучения особо опасных и других инфекционных заболеваний: материалы науч.-практ. конф. Ростов-на-Дону, 2014. С. 147‒150.
Водопьянов А.С. и др. Indel-типирование штаммов Vibrio cholerae // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2017. № 4. С. 195‒200.
Евсеева В.В. и др. Типирование Yersinia pseudotuberculosis с помощью мультилокусного анализа вариабельного числа тандемных повторов // Проблемы особо опасных инфекций. 2015. № 4. С. 55‒57.
Каримова Т.В. Энтеропатогенные иерсинии: микробиологический мониторинг, молекулярно-биологические особенности, алгоритм лабораторной диагностики: автореф. дис. … канд. мед. наук. Ир-кутск, 2017. 22 с.
Каримова Т.В., Климов В.Т., Чеснокова М.В. Молекулярно-биологическая характеристика Yersinia pseudotuberculosis и Yersinia enterocolitica, выделенных в Сибири и на Дальнем Востоке // Бюллетень ВСНЦ СО РАМ. 2016, Т. 1, № 3 (109). Ч. 1. C. 60‒64.
Климов В.Т., Чеснокова М.В. Молекулярно-генетический мониторинг на основе ПЦР О-генотипирования // Молекулярная генетика. 2007. № 4. С. 14‒17.
Кокорина Г.И. Генотипы штаммов Yersinia pseudotuberculosis и их клиническое и диагностическое значение: дис. … канд. мед. наук. СПб., 2013. 142 с.
Пат. RU2736649С1 Российская Федерация, МПК C12N1/00, C12Q1/68. Способ генетической диф-ференциации штаммов Yersinia pseudotuberculosis путем молекулярно-генетического типирования / А.Л. Трухачев, М.Г. Мелоян, А.С. Водопьянов и др.; заявитель и патентообладатель ФКУЗ "Ростовский-на-Дону ордена трудового Красного Знамени научно-исследовательский противочумный институт". № 2019145645; заявл. 30.12.2019; опубл. 19.11.2020.
Сомова Л.М. и др. Плазмид-ассоциированная вирулентность Yersinia pseudotuberculosis и инфекционный процесс // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2016. № 6. C. 74‒85.
Шестакова М.Д. и др. Диагностическая и лечебная тактика при абдоминальной форме иерсиниозов у детей // Педиатрия. 2012. № 4. C. 37‒42.
Шубин Ф.Н. Экологические и молекулярно-биологические аспекты эпидемиологии псевдотуберкулёза: автореф. дис. … д-ра мед. наук. М., 1993. 40 с.
Шурыгина И.А. и др. Псевдотуберкулез. Новосибирск: Наука, 2003. 320 с.
Amphlett A. Far East Scarlet-Like Fever: A Review of the Epidemiology, Symptomatology, and Role of Superantigenic Toxin: Yersinia pseudotuberculosis-Derived Mitogen A. // Open Forum Infect Dis. 2015. Vol. 3: ofv202.
Bogdanovich T. et al. Use of O-antigen gene cluster-specific PCRs for the identification and O-genotyping of Yersinia pseudotuberculosis and Yersinia pestis. // Journal of Clinical Microbiology. 2003. Vol. 41. P. 5103‒5112.
Ch'ng S.L. et al. Population structure and evolution of pathogenicity of Yersinia pseudotuberculosis. // Applied and Environmental Microbiology. 2011. Vol. 77. P. 768‒775.
Duan R. et al. Homology analysis of pathogenic Yersinia species Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, and Yersinia pestis based on multilocus sequence typing // Journal of Clinical Microbiology. 2014. Vol. 52(1). P. 20‒29.
EFSA (European Food Safety Authority) and ECDC (European Centre for Disease Prevention and Con-trol), 2016. The European Union summary report on trends and sources of zoonoses, zoonotic agents and food-borne outbreaks in 2015 // EFSA Journal. 2016. Vol. 14. 231 p.
Fukushima H. et al. Geographical heterogeneity between Far Eastern and Western countries in prevalence of the virulence plasmid, the superantigen Yersinia pseudotuberculosis-derived mitogen and the high-pathogenicity island among Yersinia pseudotuberculosis strains // Journal of Clinical Microbiology. 2001. Vol. 39(10) P. 3541‒3547.
Halkilahti J., Haukka K., Siitonen A. Genotyping of outbreak-associated and sporadic Yersinia pseudo-tuberculosis strains by novel multilocus variable-number tandem repeat analysis (MLVA) // Journal of Microbiological Methods. 2013. Vol. 95(2). P. 245‒250.
Kenyon J.J., Cunneen M.M., Reeves P.R. Genetics and evolution of Yersinia pseudotuberculosis O-specific polysaccharides: a novel pattern of O-antigen diversity // FEMS microbiology reviews. 2017. Vol. 41(2). P. 200–217.
Laukkanen-Ninios R. et al. Population structure of the Yersinia pseudotuberculosis complex according to multilocus sequence typing // Environmental Microbiology. 2011. Vol. 13. P. 3114‒3127.
Le Flèche P. et al. A tandem repeats database for bacterial genomes: application to the genotyping of Yersinia pestis and Bacillus anthracis // BMC Microbiology. 2001. 1:2.
Niskanen T. et al. Characterization of non-pathogenic Yersinia pseudotuberculosis-like strains isolated from food and environmental samples // International Journal of Food Microbiology. 2009. Vol. 129. P. 150‒156.
Savin C. et al. The Yersinia pseudotuberculosis complex: characterization and delineation of a new spe-cies, Yersinia wautersii // International Journal of Food Microbiology. 2014. Vol. 304. P. 452‒463.
Souza R.A. et al. Molecular typing of Yersinia pseudotuberculosis strains isolated from livestock in Bra-zil // Genetics and Molecular Research. 2013. Vol. 12. P. 4869‒4878.
Thal E., Knapp W. A revised antigenic scheme of Yersinia pseudotuberculosis // Progress in Immunologic Standardization. 1971. Vol. 15. P. 219–222.
Voskresenskaya E. et al. Evaluation of ribotyping as a tool for molecular typing of Yersinia pseudotuberculosis strains of worldwide origin // Journal of Clinical Microbiology. 2005. Vol. 43. P. 6155‒6160.
Voskresenskaya E. et al. Typing and clustering of Yersinia pseudotuberculosis isolates by restriction fragment length polymorphism analysis using insertion sequences. // Journal of Clinical Microbiology. 2014. Vol. 52. P. 1978‒1989.