ГЕНЕТИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ ЛОКУСОВ SNP В ПОПУЛЯЦИЯХ ДУБА ЧЕРЕШЧАТОГО ЮГА ЛЕСОСТЕПНОЙ ЗОНЫ РОССИИ

##plugins.themes.bootstrap3.article.sidebar##

PDF
Опубликован: дек 8, 2020
Ключевые слова:
дуб черешчатый генофонд популяция однонуклеотидный полиморфизм

##plugins.themes.bootstrap3.article.main##

Бернд Деген
Институт лесной генетики
http://orcid.org/0000-0001-9082-3163
Юлай Аглямович Янбаев
ФГБОУ ВО «Башкирский государственный аграрный университет»
http://orcid.org/0000-0003-1039-5344
Руслан Юлаевич Янбаев
ФГБОУ ВО «Башкирский государственный аграрный университет»
http://orcid.org/0000-0002-4538-6643
Светлана Юрьевна Бахтина
ФГБОУ ВО «Башкирский государственный аграрный университет»
http://orcid.org/0000-0002-7593-855X
Альбина Алековна Тагирова
ФГБОУ ВО «Башкирский государственный университет»
http://orcid.org/0000-0002-6446-4272

Аннотация

В популяциях дуба черешчатого (Quercus robur L.) южной части лесостепной зоны России исследован уровень генетического разнообразия 79 локусов SNP, разработанных по технологии секвенирования ДНК нового поколения ddRAD. Несмотря на существенное сокращение площадей дубрав территории в агрикультурный период, в популяциях из Липецкой, Орловской и Пензенской обл. сохранился относительно высокий и сравнительно близкий уровень генетического разнообразия (наблюдаемая гетерозиготность HO = 0.319–0.344, ожидаемая гетерозиготность HE= 0.317–0.342, аллельное разнообразие υа = 1.537–1.561). Наблюдаемое распределение генотипов соответствует частотам, ожидаемым по правилу Харди-Вайнбернга, коэффициент инбридинга варьируется от F = –0.019 до F = +0.011. Генетические расстояния Грегориуса между орловской и пензенской выборками (d0 = 0.138), географически наиболее удаленными друг от друга, оказались статистически достоверными. Полученные результаты обсуждаются в связи с динамикой площадей дубрав в историческом прошлом и с проблемами сохранения генофонда локальных популяций.

##plugins.themes.bootstrap3.article.details##

Как цитировать
Деген, Б., Янбаев, Ю. А., Янбаев, Р. Ю., Бахтина, С. Ю., & Тагирова, А. А. (2020). ГЕНЕТИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ ЛОКУСОВ SNP В ПОПУЛЯЦИЯХ ДУБА ЧЕРЕШЧАТОГО ЮГА ЛЕСОСТЕПНОЙ ЗОНЫ РОССИИ. Вестник Пермского университета. Серия Биология, (3), 198–203. извлечено от http://press.psu.ru/index.php/bio/article/view/3940
Выпуск
№ 3 (2020): Вестник Пермского университета. Серия Биология. №3. 2020
Раздел
Генетика

Лицензионный договор на право использования научного произведения в научных журналах, учредителем которых является Пермский государственный национальный исследовательский университет

Скачать лицензионный договор

Текст Договора размещен на сайте Пермского государственного национального исследовательского университета http://www.psu.ru/, а также его можно получить по электронной почте в «Отделе научных периодических и продолжающихся изданий ПГНИУ»: YakshnaN@psu.ru или в редакциях научных журналов ПГНИУ.

Биографии авторов

Бернд Деген, Институт лесной генетики

Доктор, профессор, директор

Юлай Аглямович Янбаев, ФГБОУ ВО «Башкирский государственный аграрный университет»

Доктор биологических наук, заведующий научно-образовательным центром 

Руслан Юлаевич Янбаев, ФГБОУ ВО «Башкирский государственный аграрный университет»

Кандидат сельскохозяйственных наук, старший научный сотрудник лаборатории генетических ресурсов

Светлана Юрьевна Бахтина, ФГБОУ ВО «Башкирский государственный аграрный университет»

Инженер лаборатории генетических ресурсов 

Альбина Алековна Тагирова, ФГБОУ ВО «Башкирский государственный университет»

Кандидат биологических наук, доцент кафедры экологии и безопасности жизнедеятельности

Библиографические ссылки

Кожаринов А.В., Борисов П.В. Распространение дубовых лесов на территории Восточной Европы за последние 13 тысяч лет // Лесоведение. 2012. № 5. С. 22‒28.

Нейштадт М.И. История лесов и палеогеография СССР в голоцене. М.: Изд-во АН СССР, 1957. 403 с.

Cемериков Л.Ф. Популяционная структура древесных растений (на примере дуба Европейской части СССР и Кавказа). М.: Наука, 1986. 140 с.

Царалунга В.В., Фурменкова Е.С., Крюкова А.А. Внешние признаки патологии дуба черешчатого. Воронеж, 2015. 231 с.

Aguilar R. et al. Genetic consequences of habitat fragmentation in plant populations: susceptible signals in plant traits and methodological ap-proaches // Molecular Ecology. 2008. Vol. 17, № 24. P. 5177‒5188.

Blanc-Jolivet С. et al. Development of new SNPs loci on Quercus robur and Quercus petraea for genetic studies covering the whole species’ distribution range // Conservation Genetics Resources. Pub-lished online: 04 March 2020. doi.org/10.1007/s12686-020-01141-z.

Bushbom J., Yanbaev Y., Degen B. Efficient long-distance gene flow into an isolated relict oak stand // Journal of Heredity. 2011. Vol. 102, № 4. P. 464‒472.

Dumolin S., Demesure B., Petit R.J. Inheritance of chloroplast and mitochondrial genomes in pedun-culate oak investigated with an efficient PCR me-thod // Theoretical and Applied Genetics. 1995. Vol. 91. P. 1253–1256.

Fallon S.M. Genetic data and the listing of species under the U.S. Endangered Species Act // Conservation Biology. 2007. Vol. 21, № 5. P. 1186–1195.

Gregorius H.R. A unique genetic distance // Biome-trical Journal. 1984. Vol. 26, № 1. P. 13‒18.

Gregorius H.R. The relationship between the concepts of genetic diversity and differentiation // Theoreti-cal and Applied Genetics. 1987. Vol. 74. P. 397–401.

Leroy T. et al. Adaptive introgression as a driver of lo-cal adaptation to climate in European white oaks // New Phytologist. 2019. doi:10.1111/nph.16095.

Peterson B.K. et al. Double Digest RADseq: An inex-pensive method for de novo SNP discovery and genotyping in model and non-model species // Plos One. 2012. Vol. 7, № 5. doi.org.10.1371/journal.pone.0037 135.

Pohjanmies T. et al. Fragmentation-related patterns of genetic differentiation in pedunculate oak (Quer-cus robur) at two hierarchical scales // Silva Fenni-ca. 2015. Vol. 50, № 2. dx.doi.org/10.14214/sf.1510.

Willing E.-M., Dreyer C., van Oosterhout C. Estimates of genetic differentiation measured by FST do not necessarily require large sample sizes when using many SNP markers // Plos One, 2012. Vol. 7, № 8. doi:10.1371/journal.pone.0042649.