ДИЗАЙН СИСТЕМЫ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ И ОПТИМИЗАЦИЯ УСЛОВИЙ АМПЛИФИКАЦИИ ECF-ГЕНОВ БАКТЕРИЙ РОДА SALINICOLA СЕМЕЙСТВА HALOMONADAСЕАЕ

Авторы

  • Людмила/Lyudmila Николаевна/Nikolaevna Ананьина/Anan'ina Филиал ФГБУН ПФИЦ УрО РАН «Институт экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН»
  • Елена/Elena Анатольевна/Anatol'evna Шестакова/Shestakova Филиал ФГБУН ПФИЦ УрО РАН «Институт экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН»
  • Анна/Anna Александровна/Alexandrovna Пьянкова/Pyankova Филиал ФГБУН ПФИЦ УрО РАН «Институт экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН»
  • Елена/Elena Генриховна/Genrikhovna Плотникова/Plotnikova Филиал ФГБУН ПФИЦ УрО РАН «Институт экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН»; ФГБОУВО «Пермский государственный национальный исследовательский университет»

Ключевые слова:

олигонуклеотиды, ес/-гены, полимеразная цепная реакция

Аннотация

Осуществлен поиск нуклеотидных последовательностей ес/-оперона бактерий сем. Halomonadaceae в публичной базе данных Национального центра биотехнологической информации (США) (bttps://www.ncbi.rdm.nrhgov). Анализ выравненных 33 нуклеотидных последовательностей представителей родов Salinicola, Halomonas, Chromohalobacter, Kushneria, Cobetia и Halotalea позволил обнаружить консервативные области. К ним была разработана система олигонуклеотидных праймеров для амплификации фрагмента ес/-оперона, включающего гены: ес/А, кодирующий Ь-2,4-диаминобутир-атацетилтрансферазу, и ectB, детерминирующий Ь-2,4-диаминобутиратаминотрансферазу. Экспериментально подобраны условия полимеразной цепной реакции и состав ПЦР-смеси для амплификации участка ес/-оперона на ДНК матрице бактерий рода Salinicola.

Биографии авторов

Людмила/Lyudmila Николаевна/Nikolaevna Ананьина/Anan'ina, Филиал ФГБУН ПФИЦ УрО РАН «Институт экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН»

Кандидат биологических наук, научный сотрудник лаборатории молекулярной микробиологии и биотехнологии

Елена/Elena Анатольевна/Anatol'evna Шестакова/Shestakova, Филиал ФГБУН ПФИЦ УрО РАН «Институт экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН»

Инженер лаборатории молекулярной микробиологии и биотехнологии

Анна/Anna Александровна/Alexandrovna Пьянкова/Pyankova, Филиал ФГБУН ПФИЦ УрО РАН «Институт экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН»

Инженер лаборатории молекулярной микробиологии и биотехнологии

Елена/Elena Генриховна/Genrikhovna Плотникова/Plotnikova, Филиал ФГБУН ПФИЦ УрО РАН «Институт экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН»; ФГБОУВО «Пермский государственный национальный исследовательский университет»

Доктор биологических наук, ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной микробиологии и биотехнологии;Профессор кафедры ботаники и генетики растений

Библиографические ссылки

Ананьина Л.Н. и др. Salinicola socius gen. nov., sp. nov. - новая умеренно галофильнаябактерия из ассоциации микроорганизмов, утилизирующей нафталин // Микробиология. 2007. Т. 76, № 3. С. 369-376.

Ананьина Л.Н., Плотникова Е.Г. Новая система олигонуклеотидов для амплификации ес^генов бактерий семейства Нalomonadaceae // Вестник Уральской медицинской академической науки. 2011. Т. 4, № 1. С. 17.

Патрушев Л.И. Искусственные генетические системы. T. 1: Генная белковая инженерия. М.: Наука, 2004. 526 с.

Aguilera M. et al. Chromohalobacter salarius sp. nov., a moderately halophilic bacterium isolated from a solar saltern in Cabo de Gata, Almería, southern Spain // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2007. Vol. 57. P. 1238-1242.

Cai L. et al. Comparative genomics study of polyhy-droxyalkanoates (PHA) and ectoine relevant genes from Halomonas sp. TD01 revealed extensive horizontal gene transfer events and co-evolutionary relationships // Microb. Cell Fact. 2011. Vol. 10. P. 115. URL: http://www.microbialcellfactories.com/content/10/1/8 8.

Calderón M.I. et al. Complex regulation of the synthesis of the compatible solute ectoine in the halophilic bacterium Chromohalobacter salexigens DSM 3043T // Microbiology. 2004. Vol. 150. P. 3051-3063.

de la Haba R.R. et al. Taxonomic study of the genus Salinicola: transfer of Halomonas salaria and Chromohalobacter salarius to the genus Salinicola as Salinicola salarius comb. nov. and Salinicola halophilus nom. nov., respectively // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2010. Vol. 60. P. 963-971.

Designing PCR primers and probes URL: https://eu.idtdna.com/pages/decoded/decoded-articles/pipettips/decoded/2013/10/21/designing-pcr-primers-and-probes.

Huo Y.-Y. et al. Salinicola peritrichatus sp. nov., isolated from deep-sea sediment // Antonie van Leeuwenhoek. 2013. Vol. 104. P. 55-62.

Kim K.K. et al. Halomonas gomseomensis sp. nov., Halomonas janggokensis sp. nov., Halomonas salaria sp. nov. and Halomonas denitrificans sp. nov., moderately halophilic bacteria isolated from saline water // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2007. Vol. 57. P. 675-681.

Kuhlmann A.U., Bremer E. Osmotically regulated synthesis of the compatible solute ectoine in Bacillus pasteurii and related Bacillus spp. // Appl. Environ. Microbiol. 2002. Vol. 68, № 2. P. 772-783.

Lepcha R.T. et al., Comparative 16S rRNA signatures and multilocus sequence analysis for the genus Salinicola and description of Salinicola acroporae sp. nov., isolated from coralAcropora digitifera // Antonie van Leeuwenhoek. 2015. Vol. 108. P. 5973.

Okamoto T. et al. Comparative phylogenetic analyses of Halomonas variabilis and related organisms based on 16s rRNA, gyrB and ectBC gene sequences // Syst. Appl. Microbiol. 2004. Vol. 27, № 3. P. 323-333.

Olsson B.E. et al. Draft genome sequences of strains Salinicola socius SMB35T, Salinicola sp. MH3R3-1 and Chromohalobacter sp. SMB17 from the Verkhnekamsk potash mining region of Russia // Stand. Genomic. Sci. 2017. Vol. 19. P. 1-13. DOI 10.1186/s40793-017-0251-5.

Ono H. et al. Characterization of biosynthetic enzymes for ectoine as a compatible solute in a moderately halophilic eubacterium, Halomonas elongate // J. Bacteriol. 1999. Vol. 181. P. 91-99.

Pastor J.M. et al. Role of central metabolism in the osmoadaptation of the halophilic bacterium Chro-mohalobacter salexigens // J. Biol. Chem. 2013. Vol. 288, № 24. P. 17769-17781.

Raju K. et al. Salinicola rhizosphaerae sp. nov., isolated from the rhizosphere of the mangrove Avicennia marina // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2016. Vol. 66. P. 1074-1079.

Raymond R.L. Microbial oxidation of n-paraffinic hydrocarbons // Develop. Ind. Microbiol. 1961. Vol. 2. P. 23-32.

Schwibbert K. et al. A blueprint of ectoine metabolism from the genome of the industrial producer Halomonas elongata DSM 2581T // Environ. Microbiol. 2011. Vol. 13. P. 1973-1994.

Versalovic J. et al. Genomic fingerprinting of bacteria using repetitive sequence-based polymerase chain reaction // Meth. Cell. Mol. Biol. 1994. Vol. 5. P. 25-40.

References

Aguilera M et al. Chromohalobacter salarius sp. nov., a moderately halophilic bacterium isolated from a solar saltern in Cabo de Gata, Almería, southern Spain. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. V. 57 (2007): pp. 1238-1242.

Anan'ina L.N., Plotnikova E.G. [New oligonucleotide primer system for bacterial ect-genes amplification of Halomonadaceae famaly]. Vestnik Uralskoj medicinskoj academiceskoj nauki. V. 4, № 1 (2011): p. 17. (In Russ.).

Anan'ina L.N. et al. [Salinicola socius gen. nov., sp. nov., a moderately halophilic bacterium from a naphthalene-utilizing microbial association]. Mik-robiologija. V. 76, № 3 (2007): pp. 369-376. (In Russ.).

Cai L. et al. Comparative genomics study of polyhy-droxyalkanoates (PHA) and ectoine relevant genes from Halomonas sp. TD01 revealed extensive horizontal gene transfer events and co-evolutionary relationships. Microb. Cell Fact. V. 10, № 88 (2011): pp. 1-15. Available at: http://www.microbialcellfactories.com/content/10/1/ 88.

Calderón M.I. et al. Complex regulation of the synthesis of the compatible solute ectoine in the halophilic bacterium Chromohalobacter salexigens DSM 3043T. Microbiology. V. 150 (2004): pp. 3051-3063.

de la Haba R.R. et al. Taxonomic study of the genus Salinicola: transfer of Halomonas salaria and Chromohalobacter salarius to the genus Salinicola as Salinicola salarius comb. nov. and Salinicola halophilus nom. nov., respectively. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. V. 60 (2010): pp. 963971.

Designing PCR primers and probes. Available at: https://eu. idtdna. com/pages/decoded/decoded-articles/pipettips/decoded/2013/10/21/designing-pcr-primers-and-probes.

Huo Y.-Y. et al. Salinicola peritrichatus sp. nov., isolated from deep-sea sediment. Antonie van Leeuwenhoek. V. 104 (2013): pp. 55-62.

Kim K.K. et al. Halomonas gomseomensis sp. nov., Halomonas janggokensis sp. nov., Halomonas salaria sp. nov. and Halomonas denitrificans sp. nov., moderately halophilic bacteria isolated from saline water. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. V. 57 (2007): pp. 675-681.

Kuhlmann A.U., Bremer E. Osmotically regulated synthesis of the compatible solute ectoine in Bacillus pasteurii and related Bacillus spp. Appl. Environ. Microbiol. V. 68, № 2 (2002): pp. 772783.

Lepcha R.T. et al. Comparative 16S rRNA signatures and multilocus sequence analysis for the genus Salinicola and description of Salinicola acroporae sp. nov., isolated from coral Acropora digitifera. Antonie van Leeuwenhoek. V. 108 (2015): pp. 59-73.

Okamoto T. et al. Comparative phylogenetic analyses of Halomonas variabilis and related organisms based on 16S rRNA, gyrB and ectBC gene sequences. Syst. Appl. Microbiol. V. 27, № 3 (2004): pp. 323-333.

Olsson B.E. et al. Draft genome sequences of strains Salinicola socius SMB35T, Salinicola sp. MH3R3-1 and Chromohalobacter sp. SMB17 from the Verkhnekamsk potash mining region of Russia. Stand. Genomic. Sci. V. 19 (2017): pp. 113. DOI 10.1186/s40793-017-0251-5.

Ono H. et al. Characterization of biosynthetic enzymes for ectoine as a compatible solute in a moderately halophilic eubacterium, Halomonas elongate. J. Bacteriol. V. 181 (1999): pp. 91-99.

Pastor J.M. et al. Role of central metabolism in the Raymond R.L. Microbial oxidation of n-paraffinic osmoadaptation of the halophilic bacterium Chromohalobacter salexigens. J. Biol. Chem. V. 288, № 24 (2013): pp. 17769-17781.

Patrushev L.I. Iskusstvennye geneticeskie sistemy [Artificial genetic systems. Vol. 1. Genetic and protein engineering]. Moscow, Nauka Publ., 2004. 526 p. (In Russ).

Raju K., Sekar J., Vaiyapuri Ramalingam P. Salinicola rhizosphaerae sp. nov., isolated from the rhizosphere of the mangrove Avicennia marina. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. V. 66 (2016): pp. 1074-1079.

Raymond R.L. Microbial oxidation of n-paraffinic hydrocarbons. Develop. Ind. Microbiol. V. 2 (1961): pp. 23-32.

Schwibbert K. et al. A blueprint of ectoine metabolism from the genome of the industrial producer Halomonas elongata DSM 2581T. Environ. Microbiol. V. 13 (2011): pp. 1973-1994.

Versalovic J. et al. Genomic fingerprinting of bacteria using repetitive sequence-based polymerase chain reaction. Meth. Cell Mol. Biol. V. 5 (1994): pp.25-40.

Загрузки

Опубликован

2018-10-31

Как цитировать

Ананьина/Anan’ina Л. Н., Шестакова/Shestakova Е. А., Пьянкова/Pyankova А. А., & Плотникова/Plotnikova Е. Г. (2018). ДИЗАЙН СИСТЕМЫ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ И ОПТИМИЗАЦИЯ УСЛОВИЙ АМПЛИФИКАЦИИ ECF-ГЕНОВ БАКТЕРИЙ РОДА SALINICOLA СЕМЕЙСТВА HALOMONADAСЕАЕ. Вестник Пермского университета. Серия «Биология»=Bulletin of Perm University. Biology, (3), 297–303. извлечено от http://press.psu.ru/index.php/bio/article/view/1867

Наиболее читаемые статьи этого автора (авторов)